Üstüntaş.net

Windows İşletim Sistemleri için Ruby Kurulumu

Ruby programlama dili, basitlik, verimlilik odaklı, dinamik ve açık kaynak programlama dilidir. Bu dilin Windows tabanlı işletim sistmlerinde kullanılması için gelitirilen tek tıkla kurulum sağlayan, RubyInstaller.org sitesi bizlere yardımcı olmaktadır.

RubyInstaller.org sitesinin amacı, resmi rubyinstaller.org web sitesi ile birlikte, Windows ® sistemlerinde hızlı ve tam anlamıyla işleyen bir temel Ruby programlama dili kurulum programı hazırlamaktır. Bu program Windows tabanlı işletim sistemler üzerinde Ruby kullanmaya başlamak için kolay bir şekilde çalışan, kullanıcılara ve geliştiricilere yardımcı olmaktır.

RubyInstaller ile Ruby'nin standart RubyGems paketleme sistemi kullanarak Ruby yüklemesini özelleştirmeyi sağlar, bu sayede hem kullanıcılar hem geliştiriciler kendi yerel Windows tabanlı sistemlerde yerel .gem uzantıları oluşturmasına olanak sağlayan Geliştirme Araçları (Development Kit) bulunur.

RubyInstallar.org adresi kullanılarak, Downloads sekmesi içerisinde size en uygun olan kurulum paketini indirebilirsiniz. Size tavsiyem artık Ruby 1.9 sürümünden bir paket kullanmanız. Ruby 1.9 sürümünde UTF-8 dil kümesi ile ilgili çok ciddi çalışmalar yapıldığı için Türkçe uygulamaların geliştirilmesinde son derece büyük avantajları bulunmaktadır.

İndirdiğiniz kurulum paketini çalıştırdıktan sonra çok basit yönergeleri takip ederek kuruluma devam edin. Kurulum dizini sorulduğu zaman C:\Ruby193 diye bir dizin içerisine kurmanızı tavsiye ederim. Bu sayede, Ruby yorumlayıcısına çok kısa bir yol (PATH) tanımı ile erişebilirsiniz.

Kurulum aşamasında, kurulum programı Windows için ortam (environment) düzenlemelerini kendisi yapacaktır. Bu sayede Başlat -> Çalıştır -> cmd komutunu çalıştırdığınız zaman, Ruby yorumlayıcısına direk olarak erişebilir hale geliyoruz.

Terminal penceresi içerisinde

ruby -v komutunu çalıştırdığınız zaman muhtemel

ruby 1.9.3p194 (2012-04-19) [i386-mingw32] cevabını alırsınız.

gem -v komutunu çalıştırarak gem sürümünü kontrol edebilirsiniz.

1.8.10 veya üzeri bir sürüm kontrol numarası görüyor olacaksınız.

Bundan sonrasında, Ruby ile eğlenceli bir şekilde kod geliştirebilirsiniz.

8 Mayıs 2012, Salı, 05:47

Sentetik canlılar XNA ile mümküm mü?

Uluslararası bir araştırma ekibi, “XNA” adını  verdikleri yapay nükleik asitlerin tıpkı insan gen yapısını oluşturan DNA ve RNA’lar gibi kendini kopyalama ve evrim özelliği olduğunu ortaya çıkardı.

Science dergisinde yayımlanan araştırma, İngiltere’nin Cambridge Moleküler Biyoloji Medikal Araştırma Konseyi Laboratuvarı’ndan Philipp Holliger ve Vitor Pinheiro’nun başını çektiği ekip tarafından düzenlendi.

Sentetik biyoloji uzmanı iki İngiliz araştırmacı, yaptıkları keşfin sentetik biyoloji alanında çığır açan bir gelişme olduğunu ve bilim dünyasına genetik bilginin kökenlerine inebilecek kadar geniş bir uygulama alanı sunacağını ifade etti.

X-NA
Dünya üzerinde yaşayan her canlı için, DNA’larında taşınan bilgi, genetik yapı taşlarını oluşturuyor. Ayrıca, bilgiyi tıpkı DNA gibi taşıyabilen, sentetik bir polimer olan XNA adında bir genetik yapı daha bulunuyor. XNA, DNA’ya kıyasla daha farklı bir molekül yapısı barındırıyor.

 

XNA’daki “X”, xeno anlamına geliyor. Xeno eki, bilim insanları tarafından, DNA ve RNA’daki yapı taşlarının yerini alan doğadaki farklı bir girdinin temsili için kullanılıyor.

DNA ve RNA, nükleotid adı verilen uzun molekül zincirlerinden meydana geliyor. Bir nükleotid, fosfat (grafikte kırmızı), bel karbonlu (pentoz) şeker (sarı) ve beş azotlu baz; Guanin, sitozin, Timin, Adenin ve Urasil'den oluşuyor.

Pinherio ve ekibi tarafından incelenen XNA yapısı, DNA ve RNA’dan tek bir istisna ile ayrılıyor: XNA’da, DNA ve RNA’ya isimlerini veren deoksiriboz veya riboz şekerlerinin yerinde farklı moleküller yer alıyor. Bu moleküllerden bazıları beş karon atomu yerine dört veya yedi atom taşıyabiliyor.

Grafikte gösterilen ve FANA gibi florin atomu gibi spesifik yapıya sahip olan XNA’lar, DNA ve RNA’nın yapısını kopya ediyor ve aynı fonksiyonları gösteriyor. Ancak ortaya tamamen yeni ve yapay genetik yapılar çıkıyor.

EVRİM ÖZELLİĞİ
Bilim insanları XNA moleküllerini 10 yıldan fazla araştırıyor. Ancak en son araştırma XNA’ların iki yeni özelliğinin ortaya çıkarılması sayesinde geçmiştekilerden farklılaşıyor. Bunlar, kopyalama ve evrim.

Pinherio, “Herhangi bir polimer bilgi depolayabilir... DNA ve RNA’yı spesifik kılan, işlenmiş olan bilgiye erişilebilmesi ve kopyalanabilmesidir. Bir genetik polimerdeki bilginin bir diğerine kopyalanabilmesi, bilginin kalıtımsal olarak taşınabilmesini sağlar” dedi.

 

DNA ve RNA’da, kopyalama işlemi polimeraz adı verilen moleküller sayesinde gerçekleşiyor. Genetik mühendisliğinde CST olarak bilinen yöntemle, Pinherio’nun ekibi, sadece bir DNA’dan XNA oluşturmakla kalmayan, aynı zamanda XNA’yı tekrar DNA’ya kopyalayabilen polimerazlar üretmeyi başardı. Böylece, XNA’larda genetik bilginin kopyalanması ve dağıtılmasını sağlayan genetik sistem oluşturulmuş oldu.

KILAVUZLU EVRİM
Bilim insanları, geliştirdikleri genetik sistem için şu örneği verdi: Sınıf arkadaşınızın notlarını DNA zinciri olarak düşünebilirsiniz. Arkadaşınızın kalemi ise bilginin kağıda aktarılmasını sağlayacak kalem görevi görmektedir. Eğer, arkadaşınızın notları XNA ‘dilinde’ yazılmışsa, bilginin kağıda aktarılması için XNA genetik sistemi gerekecektir. Pinheiro, bu aşamada iki farklı yazma aracı geliştirdi. Biri, arkadaşınızın XNA dilindeki notlarını ilk önce DNA diline çeviriyor, ikincisi de bu DNA notlarını XNA notlarına dönüştürüyor.

Bilim insanları, genetik araştırmalarında çığır açabilecekleri yöntemlerle, kilitli nükleik asitlerde (LNA) yüzde 95 ve cyclohexenyl nükleik asitlerde (CeNA) yüzde 99.6 uygunluk oranına ulaşmayı başardı.

Pinheiro, “Evrimin potansiyeli, ne kadar bilginin kopyalanabildiği ve kopyalama sürecinde ne kadar az hata yaşandığına bağlı... Elde ettiğimiz sonuçlar, evrim için yeterli bir seviyeyi gösteriyor” dedi.

 

XNA’ların evrim kapasitesi, HNA xeno-nükleotidleriyle test edildi. Pinheiro, HNA’nın spesifik dizilimler göstererek bir RNA molekülüne veya protine dönüşebileceğini ifade etti. DNA’lar üzerinde bir süredir gerçekelştirilen bu uygulama, “kılavuzlu evrim” olarak adlandırılıyor. Pinheiro, “Geliştirdiğimiz HNA sistemi, bilginin depolanması, kopyalanması ve evrimi için oldukça elverişli” yorumunu yaptı.

YENİ YAŞAM FORMLARI
Bilim insanlarının elde ettiği sonuçlar çok sayıda bir o kadar çeşitli. Araştırmacılar, yaptıkları deneylerle yaşamın kökeni hakkında önemli bilgiler elde edebileceklerini düşünüyor. XNA üzerinde geçmişte yapılan araştırmalar, RNA ve DNA öncesinde başka genetik sistemlerin var olabileceği ihtimaline odaklanıyordu. XNA’nın evrim özelliğinin ortaya çıkarılması, bu olasılığın gerçek olabileceğini gösterdi.

Pinherio, “Geliştirdiğimiz yöntem bilimleri nükleik asit tedavilerininde öncü olabilir” ifadesini kullandı. DNA veya RNA olarak bilinen doğal nükleik asitler, belli moleküler hedeflere bağlanacak şekilde bir araya getirilebiliyor. Ancak nükleik asitleri enzimler tarafından çözümlenmesi tedavi için kullanılmalarını mümkün kılmıyor.

Pinheiro, bu durumun önüne geçmek için, tıbbi kimya kullanılarak, evrim geçirmiş DNA dizinlerini değiştirebileceklerini, böylece nükleik asitin çözülmeden tedavi edici hedefe bağlanan fonksiyonal bir moleküle dönüştürülebileceğini yazdı. Ancak bu amaca ulaşabilmek oldukça zor. Pinheiro, bu tür tedavilerin geliştirilmesinin çok maliyetli olacağını belirtirken, bugüne kadar piyasaya sürülebilen nükleik asit tabanlı tek bir ilaç (Macugen) olduğuna dikkat çekti.

Yine de Pinheiro ve ekibinin geliştirdiği altı XNA’nın tümü doğal DNA ve RNA’ya kıyasla, nükleaz enzimine daha dirençli. Sonuç  olarak, moleküllerin tedavici edici hale geitirilmesi gerekmeyecek ve uygun bir XNA, vücutta bozulma olasılığı olmadan, tedavici edici özelliğine göre kullanılabilecek.

Bu başarının elde edilebilmesi, diğer alanlarda da büyük imkankar sunabilir: XNA, DNA ve RNA’dan bağımsız, yeni yaşam formlarının önünü açabilir. Hiçbir biyolojik molekülün yardımına ihtiyaç

duymadan taşıdığı bilgiyi kopyalayabilen sentetik polimer XNA,  bir gün Dünya’ya insan eliyle üretilen canlılar sunabilir.

Pinheiro, insan yapımı yaşam türleri için kendini kopyalayabilen XNA sistemlerinin geliştirilerek hücrelere nakledilmesi gerektiğini ifade etti. Genetik bilimi bir gün bunu başarırsa, kendi ayakları üzerinde durabilen canlılar görebiliriz.

 

Kaynak: Ntvmsnbc.com

20 Nisan 2012, Cuma, 11:35